そのまんま！
imagesavealpha
(PHP 4 >= 4.3.2, PHP 5)
imagesavealpha --
PNG 画像を保存する際に（単一色の透過設定ではない）完全な
アルファチャネル情報を保存するフラグを設定する
説明
bool
imagesavealpha ( resource image, bool saveflag )
imagesavealpha() は
PNG 画像を保存する際に（単一色の透過設定ではない）完全な
アルファチャネル情報を保存するフラグを設定します。
これを使用するためには、アルファブレンディングを解除する必要があります
(imagealphablending($im, FALSE))。
アルファチャネルはすべてのブラウザでサポートされているわけではありません。
ブラウザ上での表示で問題が発生した場合は、アルファチャネルに対応している
ブラウザ（例: 最新の Mozilla）でスクリプトを実行しなおしてみましょう。
返り値
成功した場合に TRUE を、失敗した場合に FALSE を返します。
注意
注意: この関数は、GD 2.0.1 以降を必要とします (2.0.28 以降を推奨します)。