そのまんま!
xdiff_file_diff_binary
    (PECL)
xdiff_file_diff_binary -- 2 つのファイルのバイナリ diff を作成する
説明
bool 
xdiff_file_diff_binary ( string file1, string file2, string dest )
   ふたつのファイルのバイナリ diff を作成し、それをファイルに保存します。
   この関数はテキストファイルとバイナリファイルの両方に適用可能です。
  
パラメータ
   
- file1
- 
       
- file2
- 
       
- dest
- 
       結果のファイルへのパス。このファイルはバイナリ形式となります。
       
返り値
   成功した場合に TRUE を、失敗した場合に FALSE を返します。
  
例
   
| 例 1. xdiff_file_diff_binary() の例 
     以下のコードは 2 つのアーカイブのバイナリ diff を作成します。
     | 
<?php$old_version = 'my_script_1.0.tgz';
 $new_version = 'my_script_1.1.tgz';
 
 xdiff_file_diff_binary($old_version, $new_version, 'my_script.bdiff');
 ?>
 | 
 | 
  注意
注意: 
    両方のファイルがメモリに読み込まれるので、
    memory_limit が十分大きな値に設定されていることを確認しましょう。