そのまんま!
xdiff_file_patch_binary
    (PECL)
xdiff_file_patch_binary -- ファイルにバイナリ diff 形式のパッチを適用する
説明
bool 
xdiff_file_patch_binary ( string file, string patch, string dest )
   ファイル file にバイナリ形式のパッチファイル
   patch を適用し、結果をファイル
   dest に保存します。
  
パラメータ
   
file
       元のファイル。
      
patch
       バイナリのパッチファイル。
      
dest
       結果のファイルへのパス。
      
 
  返り値
   成功した場合に TRUE を、失敗した場合に FALSE を返します。
  
例
   
例 1. xdiff_file_patch_binary() の例 
     以下のコードはバイナリ diff 形式のパッチをファイルに適用します。
     
<?php $old_version = 'archive-1.0.tgz'; $patch = 'archive.bpatch';
  $result = xdiff_file_patch_binary($old_version, $patch, 'archive-1.1.tgz'); if ($result) {    echo "パッチが適用されました"; } else {    echo "パッチが適用できませんでした"; }
  ?>
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  注意
注意: 
    両方のファイル (file および patch)
    がメモリに読み込まれるので、
    memory_limit が十分大きな値に設定されていることを確認しましょう。